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Harry Potter y el misterio del príncipe (
Harry Potter and the Half-Blood Prince) fue publicado en inglés el 16 de julio de 2005 y fue presentado por Rowling en una rueda de prensa reservada sólo a niños entre 8 y 16 años. Por su parte, en español fue publicado el 23 de febrero de 2006, con una tirada inicial de un millón de ejemplares. Casi un año antes de su publicación original, Rowling había manifestado en su sitio web oficial su voluntad de matar a otro personaje, por lo que se sucedieron una serie de apuestas no oficiales en las que se barajaron las posibilidades.
En esta sexta entrega, Harry se topa con un antiguo libro de texto de pociones lleno de anotaciones y recomendaciones firmadas por un misterioso príncipe. Al mismo tiempo, recibe clases particulares por el propio director del colegio, Albus Dumbledore, que le hace conocer momentos del pasado de Voldemort, para así enseñarle lo que son los horrocruxes, objetos elementales para lograr su victoria. Al final del libro, el profesor Severus Snape, cuya lealtad estuvo en duda durante toda la serie, asesina a Dumbledore. La frase
Snape kills Dumbledore (Snape mata a Dumbledore) se convirtió en un fenónemo de internet que impulsó todo tipo de videos y gráficos.